（一）审批范围
　　审批范围主要是辖区内外贸公司、工贸公司、三资企业及异地开展加工贸易业务企业的备案合同审批，
　　办理相应的台帐手续，并办理原备案合同的变更、延期及分册的审批手续。
　　（二）操作流程
　　接单预审→预录入→单证初审→计算机初审→单证复审→计算机复审→开设台帐→台帐登记（保函登记）→异地口岸计算机传输→收到回执核发手册
　　（三）验厂
　　凡企业首次来海关办理加工贸易业务，海关都将派员下厂进行实地查看，其主要内容为：
　　1. 了解企业生产能力。
　　2. 了解企业的经营管理水平。
　　3. 了解企业对加工贸易海关监管的知晓程度
　　4. 了解企业生产设施、厂房、仓库、人员、财务帐册是否符合海关监管的要求。
　　（四）合同的登记备案
　　1. 办理合同登记备案，企业应向海关经办人员递交下列单证：
　　　　a.《加工贸易业务批准证》1份；
　　　　b.进出口合同正本（副本）或订货卡片；
　　　　c.属于进口限制的商品，还应交验经贸部及其他有关部门的批件；
　　　　d.经营单位与加工单位签订的委托加工合同；
　　　　e.外地（南京关区外）外工贸公司申请合同备案的，还须提供经营单位主管地海关出具的《中华人民共和国海关异地加工贸易申请表》；
　　　　f.为确定单耗而必需的样品或资料；
　　　　g.海关认为必要的其他单证。
　　若企业类别及进口货物符合国办发（1999）35号文规定须交纳保证金的，则须交纳相应的保证金，待手册核销结案后由海关退还企业。
　　2. 凡符合海关总署规定的78种辅料且料件金额小于5000美元的可办理零星辅料免税表。
　　3. 加工贸易项下外商免费提供的机器设备（《外商投资项目不予免税的进口商品目录》所列
商品除外），海关依据外经委签发的《加工贸易不作价设备申请备案清单》和经其批准的加工贸易合同（协议）以及其他有关单证进行审批备案，核发《登记手册》。
　　（五）加工贸易合同变更
已登记备案的合同如发生变化（延期除外），均须办理合同变更手续。办理合同变更企业应向海关经办人员递交下列单证：
　　1. 变更合同，或中止原合同的同时提供新的有效合同；
　　2. 外经贸主管部门出具的《〈加工贸易业务批准证〉变更证明》；
　　3. 海关认为必要的其他单证。
　　（六）办理分册
　　若企业认为有必要，可向海关申请办理分册，办理分册企业应向海关经办人员递交下列单证：
　　1. 办理分册申请；
　　2. 填好的《加工贸易分册申请表》；
　　3. 海关认为必要的其他单证。
　　（七）加工贸易合同延期
　　在海关给定的手册核销期内若合同没有执行完毕，须到海关办理延期手续，延期时须向海关经办人员递交下列单证：
　　1. 外经委批文；
　　2. 外商有关延期交货的变更合同；
　　3. 延期申请表；
　　4. 海关认为必要的其他单证。
　　若海关认为必要（如二次延期），企业应交纳一定的风险担保金。

二、加工贸易深加工结转

　　（一）办理深加工结转业务，企业应向海关经办人员递交下列单证：
　　1. 结转双方企业的加工贸易手册;
　　2. 深加工结转合同；
　　3. 《中华人民共和国海关加工贸易保税货物深加工结转申请表》；
　　4. 海关认为必要的其他单证。

三、加工贸易外发加工

　　企业若将加工贸易货物外发至其他企业进行加工的，须向海关办理外发加工申请。办理外发加工申请企业应向海关经办人员递交下列单证:
　　1. 外发加工外发加工申请表；
　　2. 外发加工合同；
　　3. 海关认为必要的其他单证。
　　若外发加工企业系首次承接加工贸易企业，海关将对其进行验厂。

四、加工贸易合同核销

　　合同执行完毕，企业应及时向海关申请手册核销，核销时须向海关经办人员递交下列单证：
　　1. 盖有企业公章的手册正本，有分册和续册的同时递交；
　　2. 进出口报关单；
　　3. 核销申请;
　　4. 其他相关资料如工艺图、排料图等；
　　加工贸易进口料件原则上应全部作成成品后返销国外，若有内销，须报外经委同意并在海关补税补证后方可进行。